Die Evangelischen Kirchenbürger*innen von Stettfurt besuchten seit der Reformation die Gottesdienste in der ehemals paritätischen Kirche Wängi. 200 Jahre später wünschten sie sich eine eigene Kirche. Sie wurden dabei unterstützt vom thurgauischen Landvogt Emanuel Tscharner.

Am 15. April 1746 wurde mit dem Bau der Kirche begonnen und bereits am 20. Juli des gleichen Jahres fand die Einweihung statt. Vier Jahre später wurde neben der Kirche das Pfarrhaus erstellt. 1953 wurde westlich der Kirche das heute noch bestehende neue Pfarrhaus gebaut.

Das Gotteshaus
Das Gotteshaus, ein einfacher Rechteckbau, seinerzeit «Bethaus» genannt, wurde im Laufe der Jahrhunderte mehrfach modernisiert. Die bedeutendste Veränderung wurde im Jahre 1900 vorgenommen, indem der vierkantige Dachreiter mit seiner hochgezogenen Zwiebel durch einen neugotischen Kirchturm nach Plänen von Architekt O. Meyer, Frauenfeld, ersetzt und das Dach des Kirchenschiffes mit Treppengiebeln (1951 wieder entfernt) ergänzt. Auch im Innern wurden neugotische Anpassungen vorgenommen durch die Anschaffung neuer Kirchenfenster, einer neuen Bestuhlung und die Ersetzung der Holzkassetten durch eine Gipsdecke.
Der Turm und das Geläute
Der Turm und das Geläute wurden gestiftet vom Stettfurter Bürger und damaligen Bundesrichter Dr. Jakob Huldreich Bachmann. Die vier Glocken aus dem Jahre 1900 wurden in der Firma Rüetschi in Aarau gegossen und haben ein Gesamtgewicht von 3445 kg. Sie sind abgestimmt auf "es", "ges", "as" und "ces" und tragen verteilt die Inschriften «Ehre sei Gott in der Höhe / Friede auf Erden / An den Menschen ein Wohlgefallen / Gott ist die Liebe». Das Geläute wurde 1966 ergänzt durch eine kleine Glocke (180 kg). Diese ist abgestimmt auf den Ton "es" und trägt die Inschrift «Wer in der Liebe bleibt, der bleibt in Gott und Gott in ihm».
Das Innere der Kirche
Das Innere der Kirche wurde 1937 stark verändert durch den Einbau einer Orgel, die das bisherige Harmonium ersetzte. Nach Plänen von Architekt Martin Risch wurde die 13 Register umfassende pneumatische Orgel der Firma O. Metzler, Dietikon, im Chor eingebaut, wobei die Kanzel von der Ost- auf die Westseite verlegt und die östlichen Fensteröffnungen zugemauert wurden.
Renovation
In den Jahren 1992/93 wurde eine Innen- und Aussenrenovation der Kirche (und des Pfarrhauses) nach Plänen von Architekt H. Schmidt, Sirnach, vorgenommen. Erneuerung der Turmeindeckung, neue Farbanstriche, Dreifachverglasung der Fenster, Vergrösserung der liturgischen Zone, neues Wandtäfer mit Chorstühlen, Warmwasser Bodenheizung. Am 8. Januar 1995 wurde die neue 14 Register zählende Orgel mit dem barocken Nussbaum-Prospekt der Firma Armin Hauser, Kleindöttingen, ihrer Bestimmung übergeben.
Aus früherer Zeit
Aus der Zeit von 1746 sind in der Kirche noch die Kanzel vorhanden mit den in Einlegearbeit angebrachten Worten «Theo kai Christo» und der Taufstein mit der Inschrift «Lasset Die kindlein zu Mir komme, und Wehretes Ihnen nicht dann solcher ist das reich Gottes Marci X» (Mark. 10.14).